財政部南區國稅局表示，依所得稅法第39條但書規定，公司組織營利事業，如符合「會計帳冊簿據完備」、「虧損及申報年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證」及「如期申報營所稅」等要件，可將國稅局核定的前10年內各期虧損，自本年度純益額扣除後，再行核課。

而所謂「會計帳冊簿據完備」，是指公司應依商業會計法及所得稅法等相關法令規定設置帳簿，並依法取得憑證；另公司雖經查獲有短漏報所得情形，惟短漏報情節輕微，仍可視為會計帳冊簿據完備，而適用盈虧互抵。

至於短漏報「情節輕微」標準，依財政部83年7月13日台財稅第831601175號函釋規定，是指營利事業經稽徵機關查獲短漏所得稅稅額不超過新臺幣（下同）10萬元或短漏報課稅所得額占全年所得額之比例不超過5%，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者。

該局舉例說明，甲公司105年度營利事業所得稅結算申報案件，原申報全年所得額300萬元，並以103年度虧損數扣除250萬元，申報課稅所得額為50萬元；惟國稅局查獲甲公司短漏報所得200萬元，短漏稅額34萬元、短漏報所得占全年所得比率40%【(200萬元/(300萬元+200萬元)】，因甲公司短漏報情節不符所定輕微標準，故不適用盈虧互抵。

該局提醒，盈虧互抵具有降税利益，公司在適用時應注意適用要件，若涉有短漏報情事，不僅會遭補稅及處罰外，情節重大者甚至會影響其已申報盈虧互抵的適用，影響非常大，故公司申報時務請多加留意，勿因短漏報所得而影響自身權益。