台商利用境外資金專法匯回海外收益後，要留意幾項可能會遭到補稅的但書，高雄國稅局表示，包括以匯回資金投資不動產，或者是申請實質投資或金融投資後，將資金挪作他用，將會對違法動支部分補徵20%所得稅。

台商依專法從海外匯回資金之後，原則上資金應於銀行專戶中列管五年，不過依《境外資金匯回管理運用及課稅條例》第6條規定，官員表示，在列管期間內，台商可以採實質投資、自由運用及金融投資等三類方式進行後續運用，不少台商會選擇向經濟部申請從事實質投資，以換取退稅50%的租稅優惠。

官員表示，無論資金回台後往哪一條路徑運用，運用時都要符合法規要求， 舉例而言，若是採實質投資，就要擬具投資計畫，向經濟部申請核准，如果獲得核准函並動支資金後，被發現投資項目不符合原始核定的投資計畫，有移作他用的情形，國稅局就會從銀行專戶尚未動支的資金當中，補徵到最高20%所得稅。