臺灣地區法人、團體或其他機構有大陸地區來源所得者，應併同臺灣地區來源所得課徵所得稅，又為避免重複課稅，其在大陸地區已繳納之所得稅，得自應納稅額中扣抵，扣抵之數，不得超過因加計其大陸地區來源所得，而依臺灣地區適用稅率計算增加之應納稅額。

轄內甲公司106年度營利事業所得稅申報大陸地區來源所得在大陸地區已繳納之所得稅可扣抵稅額578萬元，甲公司說明經由其在第三地區投資之A公司多次獲配自100%轉投資大陸B公司之投資收益約2億元，A公司於106年間將上開投資收益中之3,400萬元發放予甲公司，該可扣抵稅額578萬元係加計所獲配投資收益3,400萬元依國內適用稅率計算增加之應納稅額（578萬元=3,400萬元*17%），惟查該3,400萬元之投資收益在大陸地區已繳納之所得稅僅340萬元，其差額238萬元非本次所獲配投資收益於大陸地區已繳納之所得稅而遭剔除補稅。

營利事業如適用臺灣地區與大陸地區人民關係條例第24條稅額扣抵之規定，應以大陸地區所得來源國稅法規定已繳納之所得稅，且未超過規定限額，而非直接以可扣抵應納稅額之限額申報。

營利事業列報大陸地區來源所得扣抵稅額時，應注意稅法相關規定，以免不符規定被調整補稅。