土地所有權人死亡，遺有單筆農業用地，部分面積未作農業使用，繼承人於辦理繼承登記前，得先行申請土地標示分割登記，分割後個別農業用地如能取具作農業使用證明書，於申報遺產稅仍得列報農業用地扣除額，自被繼承人遺產總額中扣除。

依遺產及贈與稅法第17條第1項第6款規定，遺產中作農業使用之農業用地及其地上農作物，由繼承人或受遺贈人承受者，得自遺產總額中扣除其土地及地上農作物價值之全數。如被繼承人所遺單筆農業用地部分面積與農業經營無關，或有妨礙耕作之障礙物等使用情形，而無法取得農業使用證明書，繼承人得先行辦理標示分割，分割後個別農業用地如能取具作農業使用證明書，仍得列報農業用地扣除額。

舉例說明，被繼承人甲君於106年4月27日死亡，繼承人乙君於106年6月15日申請農業使用證明書時，經主管機關現場勘查有建物占用而未認定為作農業使用，於申報遺產稅時無法提示農業使用證明書，致未能主張自甲君遺產總額中扣除該農業用地價值。本案繼承人如先就該土地辦理標示分割登記，並就符合作農業使用部分向主管機關申請核發農業使用證明書，申報遺產稅即得列報農業用地扣除額。