財政部臺北國稅局表示，營業人承包工程，倘逾期完工致遭罰款，雖以工程款抵付罰款，惟仍應按工程合約所載每期應收工程款開立統一發票，申報繳納營業稅。

該局說明，依加值型及非加值型營業稅法第16條規定，銷售額為營業人銷售貨物或勞務所收取之全部代價，包括營業人在貨物或勞務之價額外收取之一切費用，同法第32條規定，營業人銷售貨物或勞務，應依本法營業人開立銷售憑證時限表規定之時限，開立統一發票交付買受人，又「營業人開立銷售憑證時限表」規定，包作業應於工程合約所載每期應收價款時開立統一發票。倘營業人因逾期完工致遭罰款，該罰款與依限開立發票係屬二事，不得因以工程款抵付罰款而以淨額開立統一發票，營業人仍應於工程合約所載每期應收價款時按全額工程款開立統一發票。

該局舉例說明，甲公司承包乙公司房屋建築工程，完工後尚有新臺幣（下同）500萬元（含稅）工程尾款未請款，惟因甲公司逾期完工遭乙公司罰款200萬元，並以工程尾款抵付，實際收取金額300萬元（500萬元-200萬元），依上開規定，甲公司仍應依工程尾款金額開立500萬元統一發票並報繳營業稅，不得逕以收取差額300萬元開立統一發票。

該局呼籲，營業人倘未依規定按全額工程款開立統一發票者，於未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，主動向所轄稽徵機關自動補報並補繳所漏稅額，可依稅捐稽徵法第48條之1規定，加計利息免予處罰。