本局表示，在計算營業人實際應納稅額時，營業稅進項稅額列為計算之減項，應由主張扣抵之申報扣抵營業人負舉證責任，如無法提供相關證明文件，將不得扣抵銷項稅額，恐遭國稅局補稅處罰。

本局指出，轄內甲公司取具乙公司開立之統一發票4紙，銷售額合計1,310,148元，作為進項憑證申報扣抵銷項稅額，經本局桃園分局查核發現甲公司並無向乙公司進貨之事實，核定補徵營業稅額65,507元，並處罰鍰163,767元。甲公司不服，主張確實有向乙公司進貨及支付貨款，並提供相關資料供核，經復查未獲變更確定在案。

本局進一步說明，按司法院釋字第537號解釋意旨，營業稅進項稅額屬於納稅義務人所得支配或掌握之課稅要件事實，納稅義務人應負有提供資料之協力義務，不論從證據掌控或利益歸屬之觀點，均應由主張扣抵之申報扣抵營業人負擔證明責任。甲公司雖已提供進貨統一發票、轉帳傳票及付款支票等影本佐證，然而未能提示現金付款來源、合約書、送貨單、驗收單、帳載紀錄(即進貨帳、銷貨帳、存貨帳、用料分析及產銷存明細表)、銷貨統一發票及收款證明等供核，致無法勾稽查核有無進貨事實。

    本局特別提醒，營業人於進貨時，應善盡保存相關帳簿憑證之責任，以免徵納雙方對交易事實產生爭議時，無相關文件佐證，導致不利之租稅負擔。