財政部臺北國稅局表示，藥局除經營藥品調劑、供應業務外，如兼營藥品或其他貨物銷售業務者，應依法辦理稅籍登記及課徵營業稅。

該局說明，藥局經營方式如係專營藥品調劑、供應業務，未兼營藥品或其他貨物銷售業務者，核屬藥師、藥劑生提供專業性勞務，其依醫師處方箋調劑藥品而向健保局領取之調劑費及藥品費，非屬營業稅之課徵範圍，惟應屬主持藥師、藥劑生之執行業務所得，依法應課徵綜合所得稅；倘藥局經營處方箋藥品調劑、供應業務外，還兼營一般成藥或營養保健食品、尿布、奶粉等其他貨品銷售業務者，應依法辦理稅籍登記，並就其銷售一般成藥藥品或其他貨品之收入，繳納營業稅及營利事業所得稅。

該局呼籲兼營一般成藥藥品或其他貨品銷售之藥局，其銷售一般成藥藥品或其他貨品之收入，如未依法開立統一發票報繳營業稅者，請儘速向藥局所在地稽徵機關辦理自動補報補繳營業稅，以免受罰。