高雄國稅局表示，在營業稅申報方面，連鎖超商、超市或百貨業者，由於經營形式涉及生鮮產品，所以要留意特別規定，首先，在開發票時應區分免稅發票及應稅發票；第二項重點，則是在於年度終結的時候，要再依全年度銷貨狀況調整最後一期營業稅應納稅額。
官員指出，不同於一般營業人多半經營應稅貨品，《加值型及非加值型營業稅法》針對同時兼賣應稅貨物、免稅貨物的「兼營營業人」設有特別規定，最常見的兼營品項其實就是生鮮蔬果，也就是連鎖超商、超市以及百貨業者最容易適用相關規定。
官員表示，免稅貨物顧名思義就是免徵營業稅的貨物，賣方在售價中不會內含營業稅，假設買方也是營業人，拿到免稅貨物的發票後，也不能拿來扣抵銷項營業稅額，因此連鎖超商等業者有義務區分發票種類，針對生鮮蔬果等免稅貨物開立免稅發票、針對其他應稅貨物則照常開立應稅發票。
然而實務上常有業者誤開，官員指出，像是新手業者可能會不慎全部開成應稅發票，反而每期都多繳稅，等到年度申報完畢、國稅局查核全年狀況時才發現。
官員表示，這種情況國稅局雖不會開罰，但是會針對業者進行輔導，如果業者認為區分發票成本太高，可以選擇放棄兼營免稅資格，照常開立應稅發票，已開錯的發票也跟著追溯調整；至於不願放棄兼營資格的業者，國稅局則會輔導業者調整全年度的進項稅額，計算出不能扣抵銷項的比例。
官員表示，年度調整也是查核兼營營業人應納稅額的重點，業者除了要在年度間按期申報營業稅額，也須在申報當年度最後一期營業稅時，重新檢視免稅貨品的進貨狀況，通常會採比例扣抵法，譬如說當年度銷貨總額當中，共有10％屬於出售免稅貨物，當年度的進項稅額就有10％不得扣抵銷項，若發現漏稅將會補稅處罰。
不過由於兼營營業人的稅務計算複雜，官員表示，營業人因年度調整進項稅額而漏稅，罰則可以從輕，若因未調整而漏稅，僅就漏稅部分罰0.5倍；因計算錯誤而漏稅，僅罰0.25倍。
