財政部高雄國稅局表示，藥局如經稅捐稽徵機關核定為使用統一發票營業人，除屬提供藥品調劑、供應專業性勞務部分外，其銷售非處方箋藥品或其他貨物收入，均應開立統一發票報繳營業稅。
該局舉例說明，消費者向使用統一發票的藥局購買藥品，如果該藥品是一般成藥、保健食品或其他貨物等，該藥局必須開立統一發票予買受人且報繳營業稅。惟民眾持由健保特約醫院或診所醫師開立的處方箋，前往購藥者，依規定係屬藥局依醫師處方箋從事調劑業務之收入及經調劑後藥品供應之收入，毋須開立統一發票。
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