營業人進口貨物，如經海關查獲短報進口貨物完稅價格，依加值型及非加值型營業稅法第五十一條規定補徵之營業稅額，不得申報扣抵銷項稅額。
財政部臺北國稅局表示，依營業稅法第十五條規定，營業人當期銷項稅額，扣減進項稅額後之餘額，為當期應納或溢付營業稅額；同法施行細則第三十條第二項第一款規定，營業人進口貨物，如經海關查獲短報進口貨物完稅價格，並有營業稅法第五十一條第一項各款漏稅情形之一，經認屬違章案件，則海關對其補徵之營業稅額，不得提出申報扣抵銷項稅額。
該局舉例，甲營業人因進口貨物短報進口貨物完稅價格，經海關查獲認屬違章案件，並核發「海關進口貨物稅費繳納證兼匯款申請書」補徵所漏營業稅款，該違章補徵之進口貨物稅費繳納證之第一聯（收據聯）及第二聯（扣抵聯）均已加註「*此為違章案件稅單，營業人不得列入扣抵銷項稅額，以免受罰」提醒文字，則甲營業人於申報當期營業稅時，應留意不得將該進口貨物稅費繳納證提出申報扣抵銷項稅額。
該局提醒，營業人如自行發現誤將不得扣抵之進項憑證申報扣抵銷項稅額，於未經檢舉、未經稅捐稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，已自動補報並補繳所漏稅款者，依稅捐稽徵法第四十八條之一規定，得加計利息免予處罰。
