每期申報的營業稅進項，可能會有部分成為「留抵稅額」，高雄國稅局指出，這項區塊很常發生申報錯誤的情形，包括金額與上期不符，或列報不合規的數字。

營業稅申報有分進項及銷項，官員表示，由於營業稅是內含在商品交易之中，如果當期申報的進項稅額高於銷項稅額，代表營業人在交易過程中，已經繳了太多營業稅，國稅局系統會記錄下來，成為這位營業人的留抵稅額。

官員指出，有時候查核營業稅申報案時，系統會顯示留抵稅額申報有誤，與前一期留下的金額不符。除了營業人自己寫錯外，有時候可能是因為前一期發票有作廢、退貨等紀錄，讓留抵稅額有變動，官員表示，在這種情形下，有些營業人忘記調整下一期申報書，導致金額不符，被系統通知異常。

還有一種異常情形，發生在於獨資商號頂讓後，官員表示，因為負責人變更，因此前一位老闆的留抵稅額，不能留給新老闆。

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