包作業營業人承包工程，如因工程逾期遭發包人依工程合約處以罰款，發包人並自其應付工程款直接扣抵罰款者，由於被處罰款與依限開立發票係屬二事，承包人不得因以應收工程款抵付逾期完工罰款而免除開立發票與報繳稅款之義務，仍應依工程總額按工程合約所載每期應收價款時開立統一發票，報繳營業稅。

舉例說明，甲公司承攬乙公司廠房整建工程，工程造價1千萬元（不含稅，下同），嗣因工程延宕未能如期完工，乙公司依約定自應付尾款100萬元中扣除逾期違約金40萬元，甲公司卻以相抵後淨額60萬元開立統一發票，經國稅局查獲40萬元漏未開立發票及申報銷售額，除補徵營業稅2萬元外，並裁處罰鍰。

包作業營業人如有因逾期完工或違約，而遭發包人扣款，於開立統一發票時，應多加留意，切勿以相抵後淨額開立發票，應依工程合約所載每期應收價款開立發票，，以免遭補稅及處罰。