依加值型及非加值型營業稅法第39條規定，營業人因外銷貨物或勞務、購置固定資產或因合併、轉讓、解散或廢止申請註銷登記者，其溢付之營業稅可退還外，餘應留抵次期應納營業稅；但情形特殊者得報經財政部核准退還，惟退稅審核程序耗時費事，考量如需逐案報部恐影響營業人資金運用效率，因此財政部於109年5月13日發布「財政部各地區國稅局受理營業人因嚴重特殊傳染性肺炎(COVID-19)疫情影響申請退還營業稅溢付稅額審核作業原則」（以下簡稱審核原則），以簡化受疫情影響營業人申請退還營業稅溢付稅額作業程序。

本措施配合「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」（以下簡稱紓困條例）適用期間至本（111）年6月30日止，只要是109年1月15日營業稅稅籍狀況為營業中的營業人，符合經中央目的事業主管機關依紓困特別條例第9條第3項所定辦法，提供紓困、補貼、補償、振興相關措施，或受疫情影響致短期間內營業收入驟減的營業人，均可依審核原則累計退稅額度在30萬以內申請退還（詳如附表），為提高營業人資金運用效率，維持正常營運，國稅局將本「申請從簡、認定從寬、核退從速」原則辦理，該局經統計截至110年12月底止已核退營業人家數2,458家、核退稅額計4.81億元，分別占全國已核退營業人家數及稅額之比例為38.7%及37.9%。

為配合防疫政策減少人流接觸，請營業人多採用線上申辦，使用工商憑證（獨資合夥商號可使用負責人自然人憑證或健保卡），於財政部稅務入口網(網址：https://www.etax.nat.gov.tw/線上服務/線上申辦/稅務線上申辦/營業稅/申請因疫情影響退還營業稅溢付稅額)登入後，輸入相關申辦資訊並上傳金融機構帳戶存摺封面影像檔提出申請，相關措施規定、申請流程及申請書，可至該局網站（https://www.ntbna.gov.tw/主題專區/稅務專區/稅務行政）「安心防疫線上服務專區」項下「營業人受疫情影響申請退還營業稅溢付稅額專區」查詢或下載運用。