營業人取得海關退還進口貨物溢繳之營業稅額，應於發生退稅當期(月)之進項稅額中扣減。
營業人進口貨物，如已憑「海關代徵營業稅繳納證扣抵聯」申報扣抵銷項稅額者，嗣取得海關核退進口貨物溢繳之營業稅額，屬進項稅額之減少，與營業人因進貨退出或折讓而收回之營業稅額性質相同，依加值型及非加值型營業稅法(以下簡稱營業稅法)第15條第2項後段規定，應於發生進貨退出或折讓之當期進項稅額中扣減之。據此，營業人應於取得海關核退稅款之當期，自行填具「海關退還溢繳營業稅申報單」申報扣減進項稅額。
舉例說明，甲公司110年10月初進口機器設備一批，並繳納海關代徵之進口營業稅新臺幣(下同)10萬元，於110年11月12日申報9-10月營業稅時，已憑「海關代徵營業稅繳納證扣抵聯」申報扣抵銷項稅額10萬元；嗣因該進口報單價格申報錯誤而向海關申請更正，並於110年12月10日取得海關核退溢繳營業稅額2萬元，惟甲公司漏未於當期[110年11-12月(期)]申報上開退稅金額自進項稅額中扣減，經稽徵機關查得虛報進項稅額2萬元，依營業稅法第51條第1項第5款規定補稅並裁處罰鍰。
營業人如有取得前開退稅款項，漏未於當期(月)申報之進項稅額中扣減情形，依稅捐稽徵法第48條之1規定，只要在未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，自動補報並補繳所漏稅款，可加息免罰。
