本局表示，自87年度起，營利事業當年度之盈餘未作分配者，應就該未分配盈餘加徵10%營利事業所得稅。而所稱未分配盈餘，自94年度起，係指營利事業當年度依商業會計法規定處理之稅後純益，減除已由當年度盈餘分配之股利淨額或盈餘淨額等之餘額。如有漏報或短報未分配盈餘者，除補稅外另處罰鍰。
     本局指出，轄內甲公司誤以證券交易所得依所得稅法第4條之1規定停止課徵所得稅，於辦理營利事業所得稅結算申報時，未申報證券交易所得，致漏報未分配盈餘，經本局核定補稅並處罰鍰。甲公司不服，主張證券交易所得係免稅項目，不須計入未分配盈餘課稅，申經復查及提起訴願均遭駁回，遂提起行政訴訟，全案經臺北高等行政法院判決駁回確定在案。
     本局進一步說明，甲公司於99年度出售股票，有證券交易所得300萬元，因誤以證券交易所得停止課徵所得稅，而認係免稅項目，99年度營利事業所得稅結算申報，未申報該筆證券交易所得，99年度未分配盈餘申報，列報未分配盈餘為虧損100萬元，亦未依商業會計法規定將該筆證券交易所得計入其稅後純益計算未分配盈餘，嗣經本局查獲，甲公司99年度營利事業所得稅部分，重行核定全年所得額200萬元、停徵之證券交易所得300萬元及課稅所得額虧損100萬元，並據以重行核定99年度未分配盈餘為200萬元，按未分配盈餘加徵10%營利事業所得稅並處罰鍰。
     本局特別提醒，未分配盈餘自94年度起，係指營利事業當年度依商業會計法規定處理之稅後純益，並非指申報營利事業所得稅時，依稅法規定調整之課稅所得額，營利事業如有證券交易所得，應計入未分配盈餘申報，以免遭補稅及處罰。