財政部中區國稅局員林稽徵所表示，我國營利事業給付依所得稅法第88條應辦扣繳之所得予外國營利事業，應於給付時扣取稅款，並依第92條規定繳納之。如外國營利事業已經向稽徵機關申請依據財政部107年1月2日台財稅字第10604704390號令規定，並經核定其適用之淨利率及境內利潤貢獻程度，得以我國來源所得按核定淨利率及境內利潤貢獻程度計算扣繳稅款。

員林稽徵所提醒，自106年度起，如果外國營利事業銷售跨境電子勞務之扣繳稅額，與按稽徵機關核定淨利率及境內利潤貢獻度計算之數額不同，營利事業得向所屬稽徵機關申請退還溢扣繳稅款。