財政部高雄國稅局表示，公司進行合併，存續公司因合併取得消滅公司原持有該存續公司的股份並轉列為庫藏股，其註銷該庫藏股票所產生的損失，依國際會計準則第32號或企業會計準則公報第15號規定，沖抵同種類庫藏股交易所產生的資本公積，不足數再依序沖抵86年度以前年度的保留盈餘、87年度以後年度的保留盈餘，其屬沖抵庫藏股交易的上年度及當年度稅後盈餘部分，依財政部108年8月26日台財稅字第10804006760號令釋，得分別列為交易上年度及當年度應加徵營利事業所得稅未分配盈餘的減除項目。

該局舉例，甲公司為乙公司的母公司，為簡化股權結構，甲公司與乙公司於108年度進行合併，合併後甲公司為存續公司，乙公司為消滅公司。甲公司因合併取得乙公司原持有的「長期股權投資-甲公司」轉為庫藏股並於同年度註銷，產生庫藏股票交易損失新臺幣(下同)1,800萬元，應依序先沖抵「資本公積-同種類庫藏股交易」300萬元，再沖抵86年度以前年度保留盈餘500萬元，因為87年度至106年度保留盈餘為0元，不足餘額1,000萬元續以107年度及108年度稅後盈餘各沖抵600萬元及400萬元，得分別列為計算107年度及108年度依所得稅法第66條之9規定未分配盈餘的減除項目。