符合所得稅法第39條規定之營利事業申報盈虧互抵時，虧損年度如有獲配不計入所得額課稅之投資收益，該投資收益應自該期核定虧損中抵減後，再以虧損之餘額自本年度純益額中扣除。

依所得稅法第39條規定，公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定前十年內各期虧損，自本年度純益額中扣除。又依財政部66年3月9日台財稅第31580號函規定，公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除各期核定虧損者，應將各該期依所得稅法第42條規定不計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。

舉例說明，甲公司106年度經稽徵機關核定虧損為800萬元，另有依所得稅法第42條規定不計入所得額課稅之股利收入500萬元。107年度純益額為1,000萬元，依所得稅法第39條規定自其本(107)年度純益額中扣除106年度核定虧損時，其不計入所得額課稅之股利收入500萬元，應自106年度核定虧損800萬元中抵減後，以虧損之餘額300萬元（800萬元-500萬元）自本年度純益額1,000萬元中扣除。

適用所得稅法第39條規定之營利事業，請注意相關規定，正確計算前十年虧損扣除金額，以免遭稽徵機關調整補稅及加計利息，影響自身權益。