總機構在中華民國境外之營利事業（下稱外國營利事業），在中華民國境內經營國際運輸、承包營建工程、提供技術服務或出租機器設備等業務，其成本費用分攤計算困難，經申請核准依所得稅法第25條規定，核計營利事業所得額者，該所得額不得扣除其在臺分支機構之當年度虧損後，再行核課。

外國營利事業在我國境內設有分支機構者，應依所得稅法第41條規定，由其在境內之分支機構單獨設立帳簿，並計算其營利事業所得額課稅。若該外國營利事業在境內經營國際運輸、承包營建工程、提供技術服務或出租機器設備等業務，其成本費用分攤計算困難，經申請核准依所得稅法第25條規定，國際運輸業務按其在中華民國境內之營業收入之10%，其餘業務按其在中華民國境內之營業收入之15%為營利事業所得額者，依財政部96年5月11日台財稅字第09604500060號函規定，該所得額不得扣除其在臺分支機構之當年度虧損。

舉例說明，甲公司為美商A公司在臺分公司，甲公司辦理106年度營利事業所得稅結算申報時，申報其本身所得額為負80萬元及A公司在臺所得額150萬元，合計全年及課稅所得額為70萬元，惟查A公司申報之所得額係經核准依所得稅法第25條第1項規定核計之所得額，依前揭函釋規定，A公司在臺之所得不得扣除其在臺分支機構之當年度虧損，經該局核定調增課稅所得額80萬元及核定應納稅額13.6萬元。

外國營利事業在臺分支機構於辦理結算申報時，如有列報境外總公司之在臺所得時，請注意依相關規定辦理，以免因不合規定遭調整補稅。