營利事業因轉投資之事業減資彌補虧損、合併、破產或清算等產生投資損失，在辦理稅務申報時，除須注意投資損失應以實現者才能申報外，尚須正確計算投資損失之金額，倘被投資公司在清算前曾經辦理減資，應重新計算投資成本，以免重複列報投資損失。

依營利事業所得稅查核準則第99條規定，投資損失應以實現者為限；其被投資之事業發生虧損，而原出資額並未折減者，不予認定，又投資損失應有被投資事業之減資彌補虧損、合併、破產或清算證明文件。至於營利事業之投資損失如屬被投資事業清算所產生者，應以實際投資成本減除清算後實際分配金額計算投資損失，在清算前已因被投資公司減資而列報過的投資損失，清算時就不能重複列報投資損失。

舉例說明，甲公司在100年間投資乙公司，原始投資成本為1億元，乙公司因經營不善虧損連連，因此在103年辦理減資彌補虧損，甲公司於103年依原始投資成本按減資比例60%可列報投資損失6,000萬元，減資後甲公司對乙公司的投資成本餘額為4,000萬元；又多年後乙公司營運未見起色，遂於109年辦理清算結束營業，甲公司取得清算分配款500萬元，甲公司於109年可列報之投資損失應為3,500萬元（原始投資成本1億元－103年之投資損失6,000萬元－清算分配款500萬元）。

營利事業在列報投資損失時，除應符合營利事業所得稅查核準則第99條規定外，並應檢視對被投資公司投資成本變動情形，避免發生重複列報投資損失，以維自身權益。