依所得稅法第3條第2項規定，營利事業總機構在中華民國境內者，應就其境內外全部營利事業所得合併課徵營利事業所得稅，但其來自境外之所得，已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，得自全部營利事業所得稅結算應納稅額中扣抵。扣抵之數，不得超過因加計其國外所得，而依國內適用稅率計算增加之結算應納稅額。

舉例說明，甲公司107年度營利事業所得稅結算申報，列報國外投資收益4億2,900萬元，經查該公司獲配源自境外營利事業盈餘分配之國外投資收益4億7,669萬元，已在境外繳納所得稅4,769萬元，惟甲公司以投資收益淨額4億2,900萬元入帳及申報，經該局依投資收益總額4億7,669萬元併計境內所得重新核算應納稅額及已納境外所得稅可扣抵之稅額後，補稅432萬餘元。

依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第24條規定，臺灣地區人民、法人、團體或其他機構有大陸地區來源所得者，亦應併同臺灣地區來源所得課徵所得稅。

但其在大陸地區已繳納之稅額，得自應納稅額中扣抵，惟扣抵之數不得超過因加計其大陸地區來源所得而依臺灣地區適用稅率計算增加之應納稅額。另依財政部102年10月1日台財稅字第10200074100號令規定，已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，應按實際繳納稅款日之匯率換算為新臺幣。

營利事業應正確申報國外投資收益及已依國外稅法規定繳納之所得稅，並注意以繳納國外稅款日期之匯率換算為新臺幣，取具相關納稅證明文件，於規定限額內自其全部營利事業所得稅結算應納稅額中扣抵，以免遭剔除補稅。