證券交易所得雖停止課徵所得稅，惟營利事業仍應依所得基本稅額條例規定申報基本所得額及繳納基本稅額，如有未申報基本所得額致漏報稅額情事，將遭補稅及處罰。

舉例說明，轄內甲公司106年度營利事業所得稅結算申報案件，經該局查得其出售乙公司股票所得計180萬元，未依所得基本稅額條例規定計算及申報基本所得額，乃併計其當年度核定之營利事業所得額虧損27萬元，核定基本所得額153萬元及稅額12萬餘元，除補徵稅額外，並按所漏稅額處1.2倍罰鍰14萬餘元。

該公司就罰鍰不服，循序申請復查，提起訴願及行政訴訟，主張已於營利事業所得稅結算申報書揭露出售乙公司股票收益，係已申報惟稅額計算錯誤，應屬補稅免罰案件，案經行政法院判決駁回確定在案，判決理由指出，僅辦理營利事業所得稅結算申報，而未依財政部規定之格式申報及繳納基本稅額，即構成該條例第15條第2項規定之違章，應予論罰。

營利事業辦理所得稅結算申報時，應注意所得稅法及所得基本稅額條例相關規定，以免遭補稅及處罰，得不償失。