總機構在我國境內之營利事業應就境內外全部所得辦理結算申報並繳納營利事業所得稅，其境外所得已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，可於規定限額內自全部應納稅額中扣抵。營利事業如取得所得稅協定締約國來源所得，亦應依前開規定合併辦理結算申報，其主張扣抵該國已納稅額時，須注意是否符合所適用所得稅協定有關消除重複課稅條文之規定。
目前我國已生效之所得稅協定共33個(其中與捷克簽署之所得稅協定，自110年1月1日實施)，總機構在我國境內之營利事業取得所得稅協定締約國來源所得如屬依適用之所得稅協定規定他方締約國免予課稅或訂有優惠稅率之所得，均可向轄區稽徵機關申請居住者證明，憑向他方締約國申請適用協定減免稅優惠，如其未向他方締約國申請適用協定而依該國國內稅法規定納稅致溢繳該國稅額，依其適用之所得稅協定有關消除雙重課稅條文及適用所得稅協定查核準則第26條第2項規定，不得申報扣抵國內應納營利事業所得稅。
舉例說明，A國與我國已簽署所得稅協定，甲公司為我國居住者，在A國無常設機構，於104年度取得A國乙公司給付之佣金收入新臺幣(以下同)1,500萬元及扣繳稅款300萬元，依所得稅法第124條規定，應優先適用A國與我國之所得稅協定。
由於該佣金收入屬甲公司於A國之營業利潤，其在A國無常設機構，依A國與我國簽署之所得稅協定第5條及第7條規定課稅權應歸屬甲公司之居住地國(即我國)，甲公司漏未依所得稅法第3條第2項規定申報該筆佣金收入1,500萬元，該局以其漏稅額核定補徵255萬元〔1,500萬元×17%（104年稅率）〕，並按同法第110條第1項規定裁處罰鍰153萬元。至甲公司在A國被扣繳之300萬元稅款，應由甲公司向A國主張適用A國與我國所得稅協定營業利潤免稅並申請退還其溢繳稅額，尚不得主張扣抵我國營利事業所得稅應納稅額。
營利事業之總機構在我國境內者，應就其境內外全部營利事業所得向我國合併申報課稅，以免遭稽徵機關補稅處罰。另營利事業取得境外所得時，應留意所得來源國是否與我國簽有所得稅協定，如屬他方締約國應免予課稅或訂有優惠稅率之所得，可先向我國轄區國稅局申請核發居住者證明，並檢具他方締約國規定之申請文件，向該國稅捐稽徵機關申請適用租稅協定減免稅優惠，以維租稅權益及保障我國稅收。
