公司或有限合夥組織，其會計帳冊簿據完備、虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證、如期申報者，得將經稽徵機關核定之前10年內各年虧損，自本年度純益額中扣除，再行計算應繳稅額。但虧損年度如有依所得稅法第42條規定不計入所得額之投資收益，應先減除其同年度之投資收益，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。

舉例說明，轄內甲公司108年度營利事業所得稅結算申報案件，申報全年所得額230萬元及「前10年核定虧損本年度扣除額」185萬元，經該局查核時發現，甲公司107年度經核定虧損為185萬元，惟有依所得稅法第42條規定不計入所得額之投資收益25萬元，並未自申報「前10年核定虧損本年度扣除額」中扣除，該局除核定前10年核定虧損本年度扣除額為160萬元予以補徵稅款外，並按所得稅法第100條之2規定，就核定補徵之稅額自結算申報期限截止之次日起，至繳納補徵稅款之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。

公司或有限合夥組織適用所得稅法第39條規定申報扣除前10年各年核定虧損時，應注意虧損年度有無依所得稅法第42條規定不計入所得額之投資收益，以避免遭補稅並加計利息。