證券及期貨交易所得雖然停止課徵所得稅，惟營利事業於辦理所得基本稅額申報時，仍應將證券及期貨交易所得列入基本所得額計算課徵基本稅額。

所得基本稅額條例立法目的在維護租稅公平，使適用租稅減免規定而繳納較低稅負或完全免稅之營利事業或個人，能繳納最基本稅額之稅制。營利事業如有所得稅法第4條之1及第4條之2規定停徵所得稅之證券及期貨交易所得、合於奬勵規定之各項免稅所得、國際金融(含證券、保險)業務分行免稅所得、其他經財政部公告之減免所得稅之所得額及不計入所得稅之所得額，應依所得基本稅額條例相關規定計算營利事業之基本稅額。

舉例，甲公司辦理106年度營利事業所得稅結算申報，課稅所得額雖為0元，惟當年度有出售乙公司股票所產生之證券交易所得4,460萬元，甲公司於辦理結算申報時，雖一併計算、申報基本所得額及基本稅額，惟漏未申報該筆證券交易所得，致短漏報基本所得額及短漏基本稅額，違反所得基本稅額條例之規定，經該局查獲，除予以補徵稅額外，並依該條例第15條第1項規定，按所漏稅額處2倍以下罰鍰。

營利事業辦理所得稅結、決算申報時，如有停徵所得稅之證券及期貨交易所得，或其他應計入基本所得額之免稅所得，應依規定列報並計算基本所得額。