財政部臺北國稅局表示，營利事業倘有110年4月28日修正公布所得稅法第4條之4及第24條之5第2項（即房地合一稅2.0）規定之房地交易所得，應與一般營利事業所得分開計算應納稅額。惟該稅額仍屬營利事業當年度應納營利事業所得稅範圍，可適用投資抵減，且於計算投資抵減稅額上限時，應將房地合一稅2.0之應納稅額與一般營利事業所得之應納稅額合併計算可抵減限額。

　　該局進一步說明，營利事業於110年7月1日之後交易屬105年1月1日以後取得之房屋、土地，並依所得稅法第24條之5第1項及第2項規定計算之交易所得，及按持有期間不同，採45%、35%、20%差別稅率計算應納稅額後，係併同一般營利事業所得之應納稅額合併報繳，惟不論是分開計算之房地合一稅2.0應納稅額或是一般營利事業所得之應納稅額，皆屬所得稅法第71條第1項規定之應納稅額，故營利事業如有符合產業創新條例、促進民間參與公共建設法等符合租稅減免規定之稅負抵減，得以投資抵減稅額抵減房地合一稅2.0之應納稅額，但應注意將分開計算之房地合一稅2.0應納稅額與一般營利事業所得之應納稅額加總計算可抵減限額。

　　該局舉例說明，甲公司110年度一般營利事業所得為新臺幣（下同）50萬元，應納稅額10萬元（50萬元×稅率20%）；適用35%稅率之房地交易所得100萬元，應納稅額35萬元（100萬元×稅率35%），則甲公司依所得稅法第71條第1項規定合併報繳之應納稅額為45萬元（一般營利事業所得之應納稅額10萬元＋房地合一稅2.0分開計算之應納稅額35萬元），另甲公司尚有符合產業創新條例第10條規定研究發展支出之投資抵減稅額15萬元，且可抵減金額以不超過其當年度應納稅額30%為限，爰甲公司得抵減之投資抵減稅額為13.5萬元（45萬元×30%）。

　　該局呼籲，營利事業有分開計算之房地合一稅2.0應納稅額得以投資抵減稅額抵減，惟應檢視投資抵減稅額限額計算是否正確，以維自身權益。