財政部臺北國稅局表示，營利事業依所得基本稅額條例規定計算之一般所得稅額低於基本稅額者，其應納之所得稅，除按所得稅法及其他相關法律規定計算認定外，應另就基本稅額與一般所得稅額之差額認定之，且該差額不得以其他法律規定之投資抵減稅額減除之。

該局進一步說明，訂定所得基本稅額條例之目的，在避免因適用租稅減免規定而造成繳納稅負偏低之情形，爰營利事業一般所得稅額高於或等於基本稅額者，依一般所得稅額繳納所得稅；一般所得稅額低於基本稅額者，除應按一般所得稅額繳納所得稅外，尚須就基本稅額與一般所得稅額差額繳納所得稅，該差額不得以投資抵減稅額減除之，以符所得基本稅額條例立法意旨。

該局舉例說明，甲公司110年度營利事業所得稅結算申報課稅所得為-900萬元（=全年所得700萬元-停徵之證券、期貨交易所得1,600萬元），依所得稅法計算之一般所得稅額為0元，基本稅額為78萬元〔=（課稅所得-900萬元＋停徵之證券、期貨交易所得1,600萬元 -扣除額50萬元）×基本稅率12%〕，惟甲公司於計算基本稅額後，又申報減除投資抵減稅額30萬元，因與前揭規定不符，經該局剔除列報之投資抵減稅額，並補徵稅款30萬元。

該局呼籲，營利事業於申報基本所得稅額時，應依所得基本稅額條例相關規定正確計算應繳納之基本稅額，以免因不符規定遭調整補稅。