財政部中區國稅局大屯稽徵所表示，因應社會生活型態多元化，許多夫妻居住在不同縣市，惟目前綜所稅仍應由夫妻合併申報及計算稅額，如夫妻分開申報，未依規定合併申報導致有短漏報稅額者，將依所得稅法第110條第1項規定予以處罰。 
該所說明夫妻得分開申報之例外情況如下：

1、所得年度中結婚或離婚者，可選擇分開或合併申報。以106年度所得稅為例，在106年度中結婚或離婚者，可以選擇採合併申報或分開申報。

2、夫或妻年滿60歲或未滿60歲但無謀生能力，可由子女申報扶養，此夫妻可以一方單獨申報，另一方列報為他戶受扶養親屬，或夫妻雙方列為不同申報戶的受扶養親屬。

3、父母申報扶養仍在校就學但已婚之子女，則該受扶養子女之配偶有所得時，可以單獨申報。

該所進一步說明，其他例外情形，依「納稅義務人與配偶分居得各自辦理綜合所得稅結算申報及計算稅額之認定標準」規定，納稅義務人及其配偶如符合下列情形之一，得各自辦理綜合所得稅結算申報及計算稅額：

1、符合民法第1010條第2項難於維持共同生活，不同居已達6個月以上之規定，向法院聲請宣告改用分別財產制者，於辦理法院宣告改用分別財產制之日所屬年度及以後年度綜合所得稅申報時，可檢附法院裁定書影本各自辦理申報及計算稅額。

2、符合民法第1089條之1不繼續共同生活達6個月以上之規定，法院依夫妻之一方、主管機關、社會福利機構或其他利害關係人之請求或依職權酌定關於未成年子女權利義務之行使或負擔者，於辦理法院裁定之日所屬年度及以後年度之綜合所得稅結算申報時，可檢附法院裁定書影本各自辦理申報及計算稅額。

3、因受家庭暴力，依據家庭暴力防治法規定取得通常保護令者，於辦理通常保護令有效期間所屬年度綜合所得稅申報時，可檢附通常保護令影本各自辦理結算申報及計算稅額。另取得通常保護令前，已取得暫時或緊急保護令者，於辦理暫時或緊急保護令有效期間所屬年度綜合所得稅申報時，可檢附暫時或緊急保護令影本各自辦理申報及計算稅額。

該所另外再提醒民眾，若不符合上開規定，而無法合併申報者，仍應於申報書上填寫配偶的姓名及國民身分證統一編號，並於“□非屬上述情形，無法合併申報之夫妻分居（不包含因工作因素分隔兩地或戶籍地不同等情形）欄”打ˇ”，由稽徵機關合併計算稅額。如須申請分別開單計稅者，應另附申請書。