納稅義務人已經辦理結算申報，但是有漏報或短報課稅所得時，除了補徵稅款以外，還要處所漏稅額2倍以下的罰鍰。

但如果納稅義務人依規定向財政部財政資訊中心或稽徵機關查詢課稅年度所得及扣除額資料，並憑以於法定結算申報期間內透過網際網路辦理結算申報，其經調查核定短漏報之課稅所得，屬財政部財政資訊中心或稽徵機關依規定應提供而未能提供之所得資料者免予處罰；或納稅義務人採用稽徵機關提供之綜合所得稅結算申報稅額試算作業，並依規定於法定結算申報期間內完成結算申報，其經調查核定短漏報之課稅所得，屬稽徵機關依規定應提供而未能提供之所得資料者免予處罰；或短漏報課稅之所得額在新臺幣(下同)250,000元以下或其所漏稅額在15,000元以下，且納稅義務人與配偶所得分開申報逃漏所得稅或虛報免稅額或扣除額或以他人名義分散所得之一者，免予處罰。

另外如果故意以詐術或其他不正當的方法逃漏所得稅，將被移送地檢署依法偵辦。但是如果在沒有被檢舉或稽徵機關或財政部指定之調查人員還沒有進行調查以前，自動提出補報並補繳稅款的話，只加計利息可免予處罰。