扣繳義務人給付薪資的時候，應該按照下面的規定辦理扣繳：

1.扣繳義務人給付我國境內居住的個人、或於一課稅年度內在臺灣地區居留、停留合計滿183天之大陸地區人民，其薪資扣繳方式如下：
（1）可按照全月給付總額依薪資所得扣繳辦法的規定扣繳，或按照 全月給付總額扣繳5%，由納稅義務人選擇一種辦理；每月薪資如採分次發放者，應按全月給付數額之合計數計算扣繳稅，每月應扣繳稅額不超過2,000元者，免予扣繳。
（2）每月薪資如採分次發放者，應按全月給付數額之合計數計算扣繳稅額。但獎金、津貼、補助款等非每月給付之薪資及兼職所得，薪資所得扣繳辦法之規定按其給付額扣取5%，免併入全月給付總額扣繳；自100年１月１日起扣繳義務人每次給付金額未達薪資所得扣繳稅額表無配偶及受扶養親屬者之起扣標準者 （108及109年度為84,501元），免予扣繳。
（3）如果是碼頭車站搬運工或營建業等 可按照全月給付總額依薪資所得扣繳辦法的規定扣繳，或按照全月給付總額扣繳5%，由納稅義務人選擇一種辦理；按日計算並按日給付酬勞的臨時工，工資免予扣繳，但是扣繳義務人仍然要依照規定填報扣繳憑單。

2.給付給非我國境內居住的個人、於一課稅年度內在臺灣地區居留、停留合計未滿183天之大陸地區人民，按照給付額扣繳18% 。自98年1月1日起，上述非居住者全月薪資給付總額在行政院核定每月基本工資之1.5倍以下者，按照給付額扣繳6%。

3.政府派駐國外工作人員所領取政府發給的薪資，按照全月給付總額超過新臺幣30,000元的部分，扣繳5%。