民眾如有大陸地區來源所得，於辦理綜合所得稅結算申報時，應併同臺灣地區來源所得申報，但在大陸地區繳納之稅額，得自應納稅額中扣抵，不會重複課稅。

最近查獲多起納稅義務人於申報綜合所得稅時，漏未申報大陸地區來源所得，致遭補稅處罰之案件。該局並指出，納稅義務人申報大陸地區來源所得，應檢附經「財團法人海峽交流基金會」驗證之大陸地區完納所得稅證明文件，其在大陸地區繳納之所得稅，可自應納稅額中扣抵，不會產生重複課稅情事，惟扣抵之數額不得超過因加計大陸地區來源所得而增加之應納稅額。

舉例說明，甲君綜合所得稅結算申報，包含大陸地區來源所得之應納稅額為50,000元，不含大陸地區來源所得之應納稅額為45,000元，其差額5,000元就是加計大陸地區來源所得而增加之應納稅額，甲君可申報之大陸地區已納所得稅可扣抵稅額之金額，則以5,000元為上限。

因大陸地區來源所得非屬稽徵機關提供查詢所得資料範圍，納稅義務人申報綜合所得稅時，仍應依法一併辦理申報，以免造成漏報遭補稅處罰，並記得取具經「財團法人海峽交流基金會」驗證之大陸地區完納所得稅證明文件，以免不得扣抵應納稅額，影響個人權益。