本局表示，稅捐稽徵法第28條第1項規定，係明定納稅義務人如有因自行適用法令錯誤、計算錯誤或其他原因而溢繳之稅款，應准予自繳納之日起5年內提出具體證明，申請退還。
        本局指出,轄內某公司104年12月營業稅申報，列報免稅銷售額58,474,050元，並自行選擇採「比例扣抵法」計算進項稅額不得扣抵比例，調整稅額1,323,279元及報繳營業稅額1,598,599元，經本局按申報數核定，並於105年7月13日公告送達，全案於105年8月12日已告確定。該公司事後於105年11月15日主張因會計人員作業疏失，致誤採「比例扣抵法」，應採「直接扣抵法」對該公司較為有利，且符合兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1第1項規定，無須向本局申請核准，即有稅捐稽徵法第28條第1項規定之適用，得直接採用直接扣抵法計算不可扣抵之進項稅額，據以申請更正104年1至12月營業稅申報改採「直接扣抵法」計算調整營業稅額，並將溢繳之營業稅額1,846,289元轉列留抵稅額，經本局審酌後，依法否准其申請。
　　本局說明，兼營計算辦法第8條之1第1項之規範目的，是在放寬兼營營業人得適用直接扣抵法之限制，容許帳簿記載完備、能明確區分購買貨物或勞務實際用途之兼營營業人，得採用直接扣抵法以真實反應進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及購買加值型及非加值型營業稅法第36條第1項勞務之應納稅額，俾使稅制更趨公平合理。故該辦法關於計算調整營業稅應納稅額，既有比例扣抵法及直接扣抵法可供選擇，而稅法上選擇權之行使本身即為確定納稅義務之方法，於選擇後如經核課確定，即不容其恣意變更，以維護法秩序之安定。 又該公司於105年1月13日已自行選擇採用「比例扣抵法」報繳104年12月營業稅，業經本局105年7月13日依營業稅法第42條之1第3項規定公告核定，該公司未於公告次日起算30日內申請復查，已核課確定在案。因此該公司核課確定後始於105年11月15日向本局申請改採「直接扣抵法」重新計算調整稅額，顯於法無據。
　　本局呼籲兼營營業人申報營業稅，於計算不得扣抵進項稅額時，一經選擇所採用之扣抵方式，並核課確定後即不得變更。