財政部中區國稅局表示，公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，可以適用所得稅法第39條盈虧互抵之規定，稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年度純益額中扣除後，再行核課營利事業所得稅。       

       該局進一步說明，依據財政部函釋規定，公司組織之營利事業，其虧損年度經稽徵機關查獲短漏之所得額，依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額不超過新臺幣10萬元，或短漏之所得額占全年核定可供以後年度扣除之虧損金額比例不超過5％，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，得視為短漏報情節輕微，免按會計帳冊簿據不完備認定，仍准適用所得稅法第39條有關盈虧互抵之規定。

       該局查核某公司103年度營利事業所得稅申報案時，發現該公司以98年度虧損2千萬元，自103年度純益中扣除。經查該公司98年度原列報課稅所得額為虧損4,056萬元，嗣後經查獲漏報所得880萬元，核定全年課稅所得額為虧損3,176萬元，致短漏報稅額219萬元，且短漏之所得額占全年核定可供以後年度扣除之虧損金額比例達27％，核非屬短漏報情節輕微，其98年度核定課稅所得額虧損3,176萬元，不得供以後年度抵減，故103年度申報虧損扣除2千萬元，予以剔除補稅。

       該局特別提醒，公司申報盈虧互抵時，須檢視虧損年度是否有短漏報所得情事，以免事後遭剔除補稅。