財政部中區國稅局大屯稽徵所表示，依「產業創新條例」第10條規定，有關公司投資於研究發展支出之投資抵減適用範圍、申請期限、申請程序、核定機關、施行期限、抵減率及其他相關事項之辦法，由中央主管機關經濟部會同財政部訂定「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」以資遵循。又為避免同一筆研發費用支出享有雙重優惠，並於「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」第11條規定，公司適用投資抵減之研究發展支出，不包括政府補助款在內，且應以稅捐稽徵機關核定數為準。故公司向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否具備創新價值時，應注意適用投資抵減之研究發展支出不包含政府補助款。

　　該所特別提醒，公司申請研究發展支出適用產業創新條例規定之投資抵減稅額時，應注意不包含政府補助款，並應詳實記載補助款支出項目及相關補助計畫內容，以免因不符稅法規定遭剔除補稅，影響自身權益。