本局表示，營利事業如同時符合公司組織、會計帳冊簿據完備、虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證、如期申報者，得將經稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年度純益額中扣除，再行計算繳稅。但虧損年度如有依所得稅法第42條規定不計入所得額之投資收益，各該期核定虧損應先減除其投資收益，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。
     

舉例說明，甲公司105年度有所得稅法第42條規定不計入所得額之投資收益30萬元，該年度經本局核定虧損為50萬元；106年度純益額為100萬元，符合所得稅法第39條盈虧互抵規定，甲公司自106年度純益額中扣除105年度核定虧損時，應將不計入所得額之投資收益30萬元，自該年度核定虧損50萬元中抵減後，再以其虧損餘額20萬元，自106年度純益額100萬元扣除。倘甲公司106年度申報扣除105年度核定虧損時，未扣除105年度依所得稅法第42條規定不計入所得額之投資收益，將被調整補稅，並依所得稅法第100條之2規定，自結算申報期限截止之次日起，至繳納補徵稅款之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。 
     

本局特別提醒，公司組織之營利事業依所得稅法第39條規定申報扣除前10年核定虧損時，應注意虧損年度有無取得所得稅法第42條規定不計入所得額之投資收益，以免遭補稅並加計利息。