本局表示，個人於事業、團體及組織退休領受之退休金時，得扣除歷年自薪資所得中自行繳付之儲金或依勞工退休金條例規定提繳之年金保險費，於提繳年度已計入薪資所得課稅部分及其孳息後，再依所得稅法第14條第1項第9類規定，計算退職所得。本局舉例說明，甲君於105年自任職事業退休(任職年資20年)，一次領取退職所得總計10,000,000元，其中1,000,000元係自歷年薪資中自行繳付之儲金或年金保險費(已計入各該年度薪資所得課稅)，該自行提繳之儲金或年金保險費孳息400,000元，甲君領取退職所得，依所得稅法第14條第1項第9類退職所得規定計算為3,340,000元(10,000,000元－1,000,000元-400,000元-定額免稅額5,260,000元)。本局特別提醒，事業、團體及組織給付退休員工之退職所得時，除上述免予計入之金額外，若有員工退職時基於退職員工在職期間之辛勞與貢獻等因素之考量所加發之款項，應依所得稅法第14條第1項第9類規定計入退職所得，並依各類所得扣繳率標準規定之扣繳率辦理扣繳及申報。納稅義務人則應按扣繳單位開立退職所得扣繳憑單所載金額辦理綜合所得稅申報，不得再另行扣除定額免稅額，以免遭受補稅及處罰。