財政部臺北國稅局表示，綜合所得稅採家戶申報制，於婚姻關係存續中，除符合財政部訂定「納稅義務人與配偶分居得各自辦理綜合所得稅結算申報及計算稅額之認定標準」，得各自辦理結算申報及計算稅額外，納稅義務人仍應與配偶合併辦理結算申報。

該局說明，納稅義務人與配偶在年度中結婚或離婚，於辦理該年度綜合所得稅結算申報時，得選擇分別或合併申報；分居之納稅義務人及其配偶，若有以下情形之一，可各自辦理綜合所得稅結算申報及計算稅額，否則仍應合併申報：1.符合民法第1010條第2項難於維持共同生活，不同居已達6個月以上，向法院聲請宣告採用分別財產制者。2.符合民法第1089條之1不繼續共同生活達6個月以上，經法院裁定為未成年子女權利義務之行使或負擔者。3.依據家庭暴力防治法規定取得通常保護令者。4.取得前款通常保護令前，已取得暫時保護令或緊急保護令者。

該局舉例說明，甲君與乙君於婚姻關係存續中，因感情不睦而分居，惟未符合得各自辦理綜合所得稅結算申報之情形，甲君110年辦理109年度綜合所得稅結算申報時，未將乙君所得併同申報，乙君雖於申報期間至該局查調所得，卻因結婚後皆由甲君合併申報，而未辦理申報，經該局查得漏報乙君營利及薪資所得計182萬元，嗣甲君申請分別開單計稅，該局乃按各自應納稅額比例計算，退還甲君溢繳稅款1千元，另向乙君補徵應納稅額9萬元，並處罰鍰1萬元。

該局提醒，納稅義務人與配偶如無法定得各自辦理結算申報之事由，仍應合併辦理申報計算稅額。如因感情不睦之原因而與配偶分居，致無法合併辦理結算申報者，可於申報書載明配偶姓名、身分證統一編號，並勾選「不符合上開規定，而無法合併申報者」選項，由稽徵機關合併計算應納稅額，如未於申報書載明配偶關係且有短漏稅捐者，稽徵機關將補稅處罰。