國產署經管國有非公用土地(下稱國有土地)面積高達21萬餘公頃，數量龐大，零星散布全國各處，且多位處偏僻或夾雜於私有土地間，又接管土地來源複雜(如第一次登記、抵稅、無人承認繼承遺產、地籍清理、變更為非公用財產、精省、機關組織改造等)，致占用型態多樣，國產署處理被占用國有土地，按土地高價值、大面積原則，排定優先處理順序，針對影響國土保安、生態敏感者，亦配合相關目的事業主管機關查處違規情事，優先處理。

　　國有土地占用處理須依國有非公用不動產被占用處理要點規定辦理，占用處理措施係優先輔導占用人取得合法使用權。國產署為加強處理被占用國有土地，自103年起即依報奉行政院核定之被占用國有非公用不動產加強清理計畫(第一期為103年至108年，第二期為109年至114年)積極辦理，自103年初至111年11月底，被占用面積總量自2萬6,834公頃降至1萬6,545公頃，共減少1萬0,289公頃，該期間共處理被占用面積4萬1,310公頃(該處理總量會遭前述接管土地增加之占用面積抵減)。國產署並就社會關注之山坡地超限利用、露營場、墳墓、農地工廠及砂石場等占用類型，採取全面清查專案列管機制管控處理情形。

　　國產署目前列管砂石場占用國有土地137案，均依規定處理並函送主管機關經濟部參處，其中限期騰空返還55案、移請檢警偵辦竊佔罪嫌或提起民事訴訟40案、申請合法使用權中36案、勘查或複查中6案。國產署配合經濟部刻衡酌國家總體建設之砂石供應需求研議輔導砂石場合法化機制，考量被占用國有不動產倘經民事訴訟判決騰空返還確定者，無法提供國有土地合法使用權，乃於經濟部研擬輔導方案前之過渡期間，針對砂石場占用國有土地案件建立配套措施，除經核定計畫用途、認定影響國土保安或公共安全或社會重大關注案件應提起民事訴訟排除占用，其餘於占用人配合繳納使用補償金，並承諾相關事項(倘日後無法取得國有土地合法使用權、有擴大占用範圍或不配合繳納占用使用補償金者，應即無條件騰空返還國有土地，並檢附檢測證明無土壤污染情事等)，得暫緩提起民事訴訟排除占用或辦理訴訟上和解。

　　國產署代表國庫出售或出租國有不動產，並非行使公權力對外發生法律上效果之單方行政行為，屬私法上契約行為，民眾申請取得國有土地使用權或所有權，悉依國有財產法出租、出售等相關法令規定審辦，至國有土地如有違反相關目的事業法令規定(土地使用管制、環保、水保、水利、公安、職安、地政、工廠管理等)，應由相關目的事業主管機關依法令查處，不因占用人取得國有土地使用權或所有權而對得抗目的事業主管機關之裁處或取締。因此，提供合法使用權之國有土地，倘經相關目的事業主管機關查報違反土地使用管制等相關法令規定，國產署各分署、辦事處當依約要求合法使用權人配合主管機關依其職掌法令規定要求改善，倘未配合主管機關要求改善，可研議終止契約收回土地。