財政部台北國稅局表示，營業人如因為報單申報價格錯誤等原因，取得海關退還進口貨物溢繳營業稅，等於實際上沒有那麼多進項稅額可扣，應在退稅當期申報扣減進項稅額，以免遭國稅局認定為虛報進項稅額而挨罰。
舉例而言，甲公司2020年1月初進口一批貨物，並繳納海關代徵營業稅共5萬元，在同年3月申報1-2月期營業稅時，已扣抵銷項稅額5萬元；不過，後來甲公司因這張進口報單申報價格錯誤，向海關申請更正，隨後在6月5日取得海關核退營業稅1萬元，甲公司應在申報5-6月期營業稅時，也就是7月15日前，自行填寫「海關退還溢繳營業稅申報單」，從當期進項稅額中扣減1萬元。
台北國稅局表示，營業人進口貨物，由海關代徵營業稅額已依法申報扣抵銷項稅額者，若日後經海關核定退還溢繳營業稅，與營業人因退貨等情況而收回的營業稅性質相同，都屬於進項稅額減少。
