財政部中區國稅局北港稽徵所表示，政府為鼓勵公司從事研究與發展，提升國際競爭力，對於公司之研究發展支出，訂有租稅減免之獎勵規定；但是公司倘有向各級政府機構申請研究補助，並取得政府補助款，除了在辦理營所稅結算申報時要將該筆補助款列報為收入外，並且應自申請租稅獎勵之研究發展支出中減除。

該所進一步說明，依「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」及「中小企業研究發展支出適用投資抵減辦法」規定，公司適用投資抵減之研究發展支出，不包括政府補助款在內。也就是說，公司適用投資抵減的研究發展支出應減除政府補助款，以避免同一筆研發費用支出，享有政府補助及租稅減免的雙重優惠。  

該所呼籲，營利事業列報適用投資抵減之研究發展支出時，須注意相關規定，以免遭國稅局剔除補稅，影響權益。