107年2月7日修正公布所得稅法第42條，刪除第2項有關機關或團體獲配國內股利或盈餘不計入所得額課稅規定，請機關或團體於108年5月份辦理107年度結算申報時，應注意將107年度獲配之股利或盈餘應併計其收入，並依所得稅法及教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準（以下簡稱免納所得稅適用標準）規定徵、免所得稅。

該所舉例說明，甲財團法人106年度結算申報案件，申報銷售貨物或勞務以外之捐贈及利息收入10萬元、股利所得990萬元、與創設目的有關活動之支出200萬元及本期餘絀數800萬元，甲財團法人當年度用於與創設目的有關活動之支出，未達基金之孳息及其他各項收入60%，經國稅局輔導仍未向主管機關申請結餘款使用計畫，不符合免納所得稅適用標準第2條第1項第8款規定，應就全部結餘款課稅，因甲財團法人106年度股利所得990萬元，依修正前所得稅法第42條規定，可全數自課稅所得額減除，課稅所得為－190萬元（收入10萬元－支出200萬元），無應納稅額。但107年所得稅法第42條修正後，因當年度獲配之股利所得不得自課稅所得額減除，相同案例，如甲財團法人107年度結算申報仍不符合免納所得稅適用標準規定，其結餘款800萬元即全數為課稅所得額，應納稅額為160萬元。

該所特別提醒，所得稅法第42條刪除機關或團體獲配股利或盈餘不計入所得額之規定後，機關或團體獲配股利或盈餘已非屬當然之免稅收入，自107年度起其結算申報案件如不符合免納所得稅適用標準規定時，其獲配之股利或盈餘應計入所得額課稅。