扣繳義務人代扣稅款並填寫扣繳稅款繳款書以後，要依下列規定辦理繳納及申報手續：

1.如果是給付國內居住的個人或在國內有固定營業場所的營利事業或於一課稅年度內在臺灣地區居留、停留合計滿183天之大陸地區人民及在臺灣地區有固定營業場所之大陸地區法人、團體或其他機構應扣繳所得時，應該在給付日的下個月10日以前把上一月內所扣的稅款向國庫繳清，並且在每年1月底以前，把上一年度內按每一個所得人的所得（包括扣繳稅款）及所得類別開立扣繳憑單，不屬於扣繳範圍和未達起扣點的所得資料則開立免扣繳憑單，向轄區稽徵機關申報；並在2月10日以前將扣（免）繳憑單填發給納稅義務人。每年1月遇連續3日以上國定假日者，免扣繳憑單申報期間延長至2月5日止，免扣繳憑單填發期間延長至2月15日止。

2.如果是給付非國內居住的個人或在國內沒有固定營業場所的營利事業或於一課稅年度內在臺灣地區居留、停留合計未滿183天之大陸地區人民及在臺灣地區無固定營業場所之大陸地區法人、團體或其他機構各類所得時，扣繳義務人應該在代扣稅款日起10天內，把所扣的稅款向國庫繳清，並開立扣繳憑單向轄區稽徵機關申報。

3.營利事業如果解散、廢止、合併或轉讓，或機關團體裁撤、變更的時候，扣繳義務人應該隨時把已扣繳稅款數額，填發扣繳憑單，並在10天以內向轄區稽徵機關辦理申報。
（所得稅法第88條、第89條、第92條）